天守閣の地階は石垣内部に位置しており、穴蔵とも呼ばれます。広さは約396�u。 中央には東西の大柱が天守閣の心柱として立っています。6階まであり長さ25M。 東心柱は根元の直径97CMの樅の通し柱(下5.4M修理交換)と、 西心柱は根元が縦85×95CMの檜の2本継ぎになっています。
　昭和の大修理で取り替えられた西心柱は、元の建築様式通り3階部分で継がれています。 兵庫県神崎郡市川町笠杉神社地檜で樹齢約670年を上半分、 岐阜県恵那郡木曾谷国有林檜で樹齢約780年を下半分として使われています。姫路城より年上ですね。

　籠城に備えて台所櫓・流し台・厠が設けてありますが、厠は、一般公開されておりません。